巨牙鲨在当时无天敌,只有与巨牙鲨同为顶级掠食者的梅尔维尔鲸相匹敌。根据各地所发现鲸鱼化石上有巨牙鲨攻击所造成的伤痕来看,此鲨鱼曾经分布很广。有少数科学家指出巨牙鲨仍未灭绝,仍然在现今生存着。有不少人曾报道说发现了巨牙鲨,经检验,都是将姥鲨,鲸鲨等体型大的鲨鱼误看成巨牙鲨。
有理论指出,由于巨牙鲨主要以鲸类为食,因两极的海水变冷而不适合巨牙鲨生存,鲸鱼因而可以逃避巨牙鲨的捕食,令巨牙鲨缺乏食物而灭绝。大约150万年前,地球的水循环出现了变化,上升流减少,由于食物缺乏,大量的鲸死亡了,多样化的鲸品种变少,巨牙鲨找不到足够的食物,渐渐灭绝了。
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